由北京大学知名学者及业内教育名家组成学术顾问团队，围绕学校办学理念和育人目标，自主开发理念先进、结构科学、内容丰富、特色突出的北大附属嘉兴实验学校课程体系。
1.融合课程：通过打造语文、数学等学科内部结构丰富合理的融合课堂，极大地拓展学生的知识面，培养学生的综合能力。语文“行读”与“国学”，数学“实证”与“应用”，让学习成为深度浸润与趣味实践的过程。同时，游泳、舞蹈、钢琴等纳入到学校基础课程范围内，很好地提升了每一位同学的体育及艺术涵养。
2.双语特色：努力打造双语教学环境，中外教协同教学，中西文化融合。小初英语实行分层教学，分级阅读、个体化辅导等课程及教学安排，不断提升学生的英语水平。
3.学科主题活动：通过数学大讲堂、英语周、STEM主题课程、艺术展等系统的学科活动，拓展基础学科的覆盖范围，拓宽学生知识面，促进基础知识学以致用。
4.分类走班：音乐、美术课分类走班，组建音乐、美术特长班，让有不同特长的学生平时在学校也能得到更好的发展。
拓展课程旨在培养学生兴趣，小学至初中共开设近80门拓展课程，如钢琴、国画、书法、摄影、二十四节气、历史剧、演艺茶馆、魔法科学、乐高机器人、足球等，涵盖语文、数学、英语、品格、科学、艺术、体育等各个学科，将学科特长培养与研究性学习融为一体。
创设校级社团近40个，如STEM、沙画、油画、街舞、游泳、轮滑、电声乐队、民乐、网球等社团，旨在培养孩子特长，提升专项能力，促进全面发展。