由北京大学、中国教育科学研究院及国内外教育专家联合组成课程研发团队，围绕学校办学理念和育人目标设计开发北大附属实验学校自主课程体系。参考与借鉴IB国际课程标准和框架，课程理念先进前沿，课程结构科学合理，课程内容丰富多样，课程特色鲜明突出。
学校课程体系完整，从幼儿园到高中系统设计。整体课程设计突出基础性、丰富性、选择性、探究性、综合性和高成长性特点，以学生为本，关注学生全面发展、健康发展和可持续发展。
课程结构多元，将按照课程价值和功能划分层次和类别。既为全体学生的全面发展夯实共性的学业基础，又尊重每一位学生的个性需要，为不同潜质、不同需求的学生提供发展的可能性，是一个融合和开放的系统。
课程形态丰富，既有语文、数学、英语等能够满足学生升学要求的学科课程；又有品格、国学、阅读、口才、国际理解、艺术、体育健康等有助于塑造人的品格和能力，成为全面发展的人的素养课程；还有漫步北大、嘉禾探访、游学课程、社团课程等能够传承民族文化和北大精神，适应未来社会发展的体验课程。
课程内容将继承传统、中西融汇、文理并重。在内容的选取上注重基础性、可接受性与时代感，在内容的呈现方式上富有趣味性、关联性和挑战性，强化应用与体验，让知识的触角尽可能多的联系到学生的经验，延伸到学生的生活，使课程在学生的成长的过程中体现价值，伴随孩子的发展需要不断生成，有助于学生在表达、交流、协作、批判、创造、反思、责任等方面形成良好素养，成为一个“德、才、群、美、体”全面发展的人。
课程实施将目标多元、形式多样，适合不同学生的成长需要。课程类别上有学生必须修习的课程，也有根据个性需要自主选择的课程；教学上立足课堂又将打开课堂，它可以发生在教室内也可以在教室外、可以在图书馆也可以在实验室，可以在校内也可以在校外、可以在国内也可以在国外……尽可能多的为学生提供多种学习经历和体验，使每一个学生在高质量的完成国家课程标准规定的内容之上，可以从丰富的课程学习中尽享中外传统文化的精髓、现代科学的智慧。