深圳新哲文院的高中课程在英语能力培养课程、批判性思维课程以及博雅（通识）课程的基础上，开设多达25门的AP（美国大学先修）课程，数量丰富，即使在美国的优质私立高中也并不多见。
深圳新哲文院开设的IGCSE及A-Level课程，涵盖数学、英语、体育、物理、化学、生物、计算机科学、历史、地理、商务、经济、艺术与设计、音乐、第二外语等丰富学科门类，给学生更广泛的选择。基地在IGCSE阶段鼓励学生广泛选择课程，敢于尝试，从而找出自己真正热爱的学科；方向明确后，在A-Level阶段，学生可以朝自己选择的方向进行深入学习和研究。
在学校的成长过程中，每个学生都会匹配升学规划老师，学生和家长可以随时与老师保持沟通和互动。老师会从学生升学角度，结合自身资源、学校活动部、学生处、班主任及学生家庭本身资源，为每个学生提供个性化的考试和活动规划建议。
