办理留学手续的步骤是：首先从留学学校获得入学许可后，通过学校等向日本法务省入境管理局申请在留资格，获得了在留资格认定证明书后，在我国国内通过代理申请机构向日本驻华大使馆领事部或各地的总领事馆申请签证。

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